In 1849 woonden in Nieuwe Pekela 4.228 mensen, waarvan 404 Rooms Katholieken. De katholieken van Nieuwe Pekela moesten anderhalf uur lopen van huis naar de kerk in Oude Pekela. In 1855 werd aan de aartsbisschop van Utrecht – Monseigneur J. Zwijsen – verzocht om een kerk in Nieuwe Pekela te mogen bouwen. Uiteindelijk kwam er een kerkzaal van 20 bij 10 meter, met spitsboogvensters en een klein houten torentje. Op 26 november 1862 werd de kerk door pastoor Feijen uit Winschoten ingewijd. In 1868 werden de parochiegrenzen van Nieuwe Pekela definitief bepaald en werd de parochie gewijd aan St. Bonifatius.
Tot aan de Tweede Wereldoorlog kwamen met regelmaat geestelijken, waaronder de paters Redemptoristen, uit het hele land voor “geestelijke oefening” of “missie”. Iedere parochiaan was verplicht hieraan deel te nemen.
Tijdens de oorlog hebben de kerk en de pastorie schade opgelopen door rondvliegend hout en ijzer na het opblazen van de brug er tegenover op 10 mei 1940. In 1941 werd pastoor G.G. van den Hurk opgevolgd door pastoor A.E. ten Berge. In 1943 werd de torenklok weggehaald en geplaatst in de toren van de RK kerk in Lettele (Overijssel) om daar dienst te doen als alarmklok. In 1944 werden na een huiszoeking in kerk en pastorie de koster en een onderduiker meegenomen en vermoord. In 1945 werd weer een huiszoeking verricht door de SD’ers. Eén van deze SD’ers was een “goede katholiek die meermalen in het geheim in de pastorie en in de kerk kwam en dan de H. Sacramenten ontving”. Op 13 april 1945 werd Nieuwe Pekela bevrijd. Direct na de oorlog haalde pastoor Ter Berge de torenklok terug uit Overijssel. Deze klok wordt echter niet gebruikt, hij is te beschadigd.
Na twaalf jaar werd in 1952 afscheid genomen van pastoor Ter Berge. Hij werd opgevolgd door pastoor J.F.M.A. Driessen, een strenge, ouderwetse maar toch vooruitstrevende pastoor van goede afkomst. Pastoor Driessen vertrok in 1961. Tot aan de huidige pastoor (pastoor Buter) volgden na pastoor Driessen nog negen pastoors. Het aantal parochianen in Nieuwe Pekela is gedaald, van 404 in 1862 tot 305 in 2012.